En cuanto al método, sobre todo en su enseñanza, ha predominado la idea de que el método experimental consiste en una serie de pasos que comienzan con la observación, que consiste en fijar la atención detenidamente en algo que ha despertado nuestro interés, de la cual surge el problema.(formular preguntas sobre lo observado). Una vez planteado éste, se inicia la revisión bibliográfica que dará sustento a las hipótesis (explicación tentativa o suposición), que se comprobarán mediante la puesta en práctica de un diseño experimental (plan de actividades a realizar) cuyos resultados permitirán determinar si las hipótesis se ratifican o se rechazan. De nuevo se observa que esta concepción incluye las ideas de la curiosidad, objetividad, precisión de las observaciones y rigurosidad del método con el cumplimiento ordenado de sus pasos. A estas ideas se opone la concepción del conocimiento y las ciencias como procesos dialécticos en los que tanto el sujeto como el objeto se influyen y modifican. Cuando un objeto real se toma como objeto de conocimiento esto se debe a que antes hubo un interés, una necesidad, un proyecto, unos conocimientos y un problema por resolver. Si no existe un conocimiento previo, una mínima teoría, una pregunta, los objetos reales seguirán como tales sin convertirse en objetos de conocimiento. Se puede ejemplificar lo anterior tanto como un caso en la historia de la Biología, como con una situación de la vida diaria.El microscopio se inventó en el siglo XVII. Los microbios y células observadas despertaban curiosidad pero no se transformaron en objetos de conocimiento sino dos siglos después, cuando el trabajo de reflexión teórica permitió plantearse problemas científicos acerca de ellos y culminar en una teoría explicativa. Lo mismo ocurre cuando a los alumnos de secundaria o bachillerato se les pide observar microorganismos por medio del microscopio; si no cuentan con los conocimientos previos, difícilmente podrán dibujar e interpretar sus observaciones y, mucho menos, plantearse problemas. Por lo que la observación no puede ser el inicio de una investigación científica, se requiere primero del planteamiento del problema surgido de unos intereses y de un marco teórico previo. La rigurosidad metodológica no consiste en seguir una secuencia de pasos. De hecho, el proceso de pensamiento no sigue esa secuencia paso a paso, pues hay un ir y venir a lo largo del método. Al plantear el problema inicial seguramente es ambiguo. Por lo tanto es necesario acumular y organizar información para la formulación de la hipótesis, pero también hay que regresar al problema para precisarlo y delimitarlo. Las observaciones en un experimento no llevan de manera directa a unos resultados, sino que con seguridad obligarán a volver sobre el marco teórico y las hipótesis. Ser riguroso en el método científico significa mantener una congruencia con la teoría que guía la investigación y a la luz de la cual se interpretan los resultados.
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